Existía en Estados Unidos una contradicción cada día más claramente percibida como un mal social que con el tiempo desgarraría a la nación: la esclavitud. Las palabras de la Declaración de Independencia que todos los hombres nacen iguales carecían de sentido para el millón y medio de negros que eran esclavos. Thomas Jefferson, él mismo dueño de esclavos, reconoció que el sistema era inhumano e incorporó en la Declaración una impugnación de la esclavitud, pero los delegados sureños ante el Congreso Continental lo obligaron a eliminar esa parte. La importación de esclavos fue proscrita en 1808, y muchos estados del norte impulsaron la abolición de la esclavitud, pero la economía sureña se basaba en enormes plantaciones que usaban mano de obra esclava para cultivar algodón, arroz, tabaco y azúcar. Sin embargo, en varios estados del sur, pequeñas poblaciones de negros libres trabajaban también como artesanos o comerciantes.
En 1820, políticos del norte y del sur debatieron la cuestión de si la esclavitud sería legal en los territorios del oeste. El Congreso optó por pactar: se permitió la esclavitud en el nuevo estado de Missouri y en el territorio de Arkansas, y se prohibió en todas partes al oeste y al norte de Missouri. Pero el punto en disputa no desaparecí, y mientras que algunos se organizaban en sociedades abolicionistas, principalmente en el norte, los blancos sureños defendían la esclavitud con creciente pasión. La nación también se hallaba dividida en torno a la cuestión del alto arancel que protegía a las industrias del norte pero elevaba los precios para los consumidores del sur.
Mientras tanto, miles de estadounidenses se habían establecido en Texas, que en ese entonces formaba parte de México. Para los texanos el régimen mexicano bajo el General Santa Anna era cada vez más opresivo, y en 1835 se rebelaron, derrotaron a un ejército de ese país y fundaron la república independiente de Texas. En 1845 Texas se anexó a Estados Unidos, y México suspendió relaciones diplomáticas. El Presidente James K. Polk envió tropas estadounidenses al territorio disputado en la frontera texana. Después de una batalla entre soldados mexicanos y estadounidenses en mayo de 1846, el Congreso declaró la guerra a México.
Un ejército estadounidense desembarcó cerca de Veracruz en marzo de 1847 y tomó la Ciudad de México en septiembre. A cambio de US$15 millones, México se vio forzado a ceder una vastísima porción de su territorio: la mayor parte de lo que hoy es Califomia, Arizona, Nevada, Utah, Nuevo México y Colorado.
En 1846, al zanjar una larga disputa fronteriza con el Canadá británico, Estados Unidos había adquirido derechos indiscutibles
sobre la porción sur de la región de Oregon: los actuales estados de Oregon, Idaho y Washington. De este modo, Estados Unidos se convirtió en una potencia verdaderamente continental que se extendía desde el Atlántico hasta el Pacífico.
La adquisición de estos nuevos territorios reavivó una inquietante duda: ¿se abrirían a la esclavitud estas tierras recién adquiridas? Desde mediados del siglo XVII se traían esclavos de África para que trabajasen en las grandes plantaciones del sur. Los sureños pretendían que se extendiese la esclavitud a los nuevos territorios del oeste. Los norteños se oponían. En 1861 empezó la Guerra Civil entre norte y sur.
En 1850 el Congreso convino en otro pacto: California fue admitida como estado libre, y los habitantes de los territorios de New México y Utah debían decidir la cuestión por sí mismos. El Congreso también aprobó la Ley del Esclavo Fugitivo, que ayudaba a los sureños a recapturar esclavos que hubieran huido a los estados libres. Sin embargo, algunos estados del norte no hicieron cumplir esta ley y los abolicionistas seguían ayudando a los negros que escapaban. Harriet Beecher Stowe, de Massachusetts, escribió Uncle Tom's Cabin (La cabaña del Tío Tom), novela sentimental pero ferozmente en contra de la esclavitud, que convirtió a muchos lectores a la causa abolicionista. En la vida política, económica y cultural de Estados Unidos, el tema de la esclavitud pasó a ser el punto central de disputa.
En 1854, el Senador Stephen Douglas, de Illinois, convenció al Congreso de permitir a los habitantes de los territorios de Kansas y Nebraska resolver la cuestión de la esclavitud dentro de sus propias fronteras, lo cual anuló el Pacto de Missouri de 1820. En Kansas, el resultado fue una contienda violenta entre los colonizadores que estaban a favor de la esclavitud y los que estaban en contra de ella. En 1857, la Corte Suprema hizo público el fallo Dred Scott, que sostenía que los negros no tenían derechos como ciudadanos estadounidenses y que el Congreso no tenía autoridad para proscribir la esclavitud en los territorios del oeste.
En 1858, cuando el Senador Douglas buscó la reelección, fue desafiado por Abraham Lincoln y el Partido Republicano (un nuevo partido en contra de la esclavitud, y que nada tenía que ver con el Partido Republicano de Jefferson). En una serie de debates históricos con Douglas, Lincoln exigió un alto a la expansión de la esclavitud. Estaba dispuesto a tolerarla en los estados del sur, pero al mismo tiempo afirmó que "este gobierno no puede subsistir permanentemente siendo mitad esclavo y mitad libre".

Lincoln perdió la contienda senatorial, pero en 1860 él y Douglas volvieron a enfrentarse: esta vez como los candidatos presidenciales Republicano y Demócrata. Para entonces la tensión entre el norte y el sur era extrema. En 1859, John Brown, un fanático del abolicionismo, había tratado de iniciar una rebelión de esclavos en Virginia atacando un depósito de municiones del ejército. Brown fue rápidamente capturado, juzgado y sentenciado a la horca, tras de lo cual muchos habitantes del norte lo aclamaron como mártir. Sin embargo, los blancos del sur se convencieron de que el norte estaba dispuesto a poner fin a la esclavitud mediante una guerra sangrienta. Douglas conminó a los Demócratas sureños a permanecer en la Unión, pero estos por su parte nombraron su propio candidato presidencial y amenazaron con separarse si los Republicanos resultaban victoriosos.
La mayoría en los estados sureños y fronterizos votaron contra Lincoln, pero el norte lo apoyó y ganó las elecciones. Unas semanas después, Carolina del Sur decidió mediante votación abandonar la Unión. Pronto se le unieron Mississippi, Florida, Alabama, Georgia, Louisiana, Texas, Virginia, Arkansas, Tennessee y Carolina del Norte. Estos estados se proclamaron nación independiente los Estados Confederados de América y así empezó la Guerra Civil.
Los sureños declararon que no peleaban sólo por la esclavitud: después de todo, la mayoría de los soldados confederados eran demasiado pobres para poseer esclavos. El sur estaba empeñado en una guerra de independencia: una segunda revolución. Los confederados generalmente tuvieron la ventaja de pelear en su propio territorio, y su moral era excelente. Tenían magníficos soldados de infantería, de caballería y generales, pero eran mucho menores en número que las fuerzas de la Unión (del norte). La red ferrocarrilera y la base industrial del sur no podían sostener un esfuerzo bélico moderno. La marina de la Unión rápidamente impuso un bloqueo que creó una grave escasez de material bélico y bienes de consumo en la confederación. Para librar la guerra, ambas partes suspendieron algunas libertades civiles, imprimieron montañas de papel moneda y recurrieron al reclutamiento.
Las dos prioridades de Lincoln fueron mantener a Estados Unidos como un sólo país y librar a la nación de la esclavitud. Él reconoció que al hacer de la guerra una batalla contra la esclavitud podría obtener apoyo pare la Unión tanto en el interior como en el exterior. Consecuentemente, el 1° de enero de 1863 dio a conocer la Proclama de Emancipación, que otorgaba libertad a todos los esclavos en áreas aún controladas por la Confederación.
El ejército sureño (Confederado) obtuvo algunas victorias en la primera etapa de la guerra, pero en el verano de 1863 su comandante, el General Robert E. Lee, se enfiló hacia Pennsylvania en el norte. En Gettysburg se encontró con un ejército de la Unión, y así dio comienzo la batalla de mayor magnitud jamás librada en suelo norteamericano. Después de tres días de lucha desesperada, los Confederados fueron derrotados. Al mismo tiempo, en el Río Mississippi, el General Ulysses S. Grant, de la Unión, tomó la importante ciudad de Vicksburg. Las fuerzas de la Unión controlaban ahora todo el valle del Mississippi, dividiendo en dos a la Confederación.
En 1864, un ejército de la Unión al mando del General William T. Sherman atravesó Georgia destruyendo el campo. Mientras tanto, el General Grant se batía implacablemente con las fuerzas de Lee en Virginia. El 2 de abril de 1865, Lee se vio forzado a abandonar Richmond, la capital de la Confederación. Una semana después se rindió ante Grant en el palacio de justicia de Appomattox, y todas las demás fuerzas confederadas se rindieron poco después. El 14 de abril Lincoln fue asesinado por el actor John Wilkes Booth.
La Guerra Civil fue el episodio más traumático de la historia de Estados Unidos. Las cicatrices no se han cerrado por completo hasta el día de hoy. Todas las guerras posteriores en que ha participado Estados Unidos han tenido lugar mucho más allá de sus fronteras, pero este conflicto devastó al sur y sometió a esa región a la ocupación militar. El país perdió más hombres en esta guerra que en cualquier otra: un total de 635.000 muertos en ambos bandos.
La guerra resolvió dos cuestiones fundamentales que habían dividido a Estados Unidos desde 1776: puso fin a la esclavitud, que fue completamente abolida por la Enmienda 13 de la Constitución en 1865; y decidió, de una vez por todas, que Estados Unidos no es una colección de estados semi-independientes sino una sola nación indivisible. Después de cuatro amargos años de guerra, se conservó la Unión y se liberó a los esclavos. Aunque la victoria del norte en la Guerra Civil aseguró la integridad de Estados Unidos como nación indivisible, muchas cosas se destruyeron en el curso del conflicto, y el objetivo secundario de la guerra, la abolición del sistema de esclavitud, se logró sólo de manera imperfecta. Para los negros, ha sido una lucha larga y penosa en busca de la igualdad. Muchos se trasladaron a las ciudades del norte, sólo para afrontar nuevas dificultades. Pero un creciente movimiento en pro de los derechos civiles continúa bregando en contra de empecinados sistemas sociales y económicos con el fin de garantizar igualdad de oportunidades para los negros en materia de vivienda, educación y trabajo.